Родился в Ельнинском уезде Смоленской губернии 5 (17).10.1818 г. в семье кадрового военного, участника Отечественной войны 1812 г. Александра Ивановича Киприянова (1780–1872). В возрасте 7 лет он был отдан в пансион к лютеранскому пастору А.Е. Лангенбеку, а в 1829 г. продолжил образование в пансионе М.П. Петрушевского (г. Смоленск), где изучал математику, историю, географию, русскую и французскую грамматику. В 1832 г. В.А. Киприянов был зачислен в Институт корпуса инженеров путей сообщения в Санкт-Петербурге.
В 1839 г., успешно окончив институт, В.А. Киприянов в чине инженера-поручика поступил на службу в Московский округ путей. Здесь он занимался вопросами судоходства на р. Москве и водоснабжением города, проектировал канал «Москва-Волга». Знакомство в конце 1840-х гг. с К.Ф. Рулье привело его к сбору и изучению ископаемых остатков. В.А. Киприянов посвятил этому значительную часть жизни, и палеонтология стала его второй специальностью.
В 1848 г. В.А. Киприянов был командирован в г. Курск для прокладки шоссе между Курском и Орлом, где проводил и геологические исследования. В результате В.А. Киприянов установил в районе работ развитие юрских, меловых, третичных, четвертичных ледниковых и аллювиальных отложений. Самое пристальное внимание он обратил на меловые породы, а именно на фосфориты, называемые «курским самородом», или «северским остеолитом». В.А. Киприянов открыл фосфориты также в Дмитриевском, Фатежском и Тимском уездах Курской губернии и в Дмитровском и Кромском уездах Орловской губернии. Фосфориты привлекли его внимание и с палеонтологической точки зрения, так как в них находили остатки беспозвоночных, рыб и морских рептилий. В связи с обилием копролитов в этих породах, В.А. Киприянов не исключал возможности их использования в качестве сырья для производства минеральных удобрений и в 1857 г. посетил Англию, где знакомился с разработкой фосфорита близ Кембриджа.
Собрав представительную коллекцию ископаемых, он передал беспозвоночных для изучения Э.И. Гофману, который описал серпулиды, двустворчатые, брюхоногие и головоногие моллюски и сделал вывод о сеноманском возрасте заключающих их отложений (в настоящее время – полпинская свита нижнего сеномана).
Со временем В.А. Киприянов приступил к изучению рыб и рептилий и сначала публиковал свои заметки в газете Курские Губернские ведомости. С 1852 г. статьи В.А. Киприянова с описаниями остатков рыб из «северского остеолита» печатались на страницах Бюллетеня Императорского Московского общества испытателей природы (МОИП). Всего за 1852 – 1881 гг. В.А. Киприяновым было опубликовано 11 статей с описанием 25 видов (из них 12 новых) костистых и хрящевых рыб, принадлежащих 15 родам из меловых отложений Курской и Орловской губерний. Еще одна палеонтологическая работа посвящена описанию зубов акул из юрских отложений окрестностей Москвы. В его научном архиве есть и работа с описанием плейстоценовых млекопитающих, остатки которых встречаются в «наносных почвах» в Курской, Орловской и Черниговской губерниях.
В.А. Киприянов был членом МОИП с 1852 г., членом Санкт-Петербургского минералогического общества с 1864 г.
Занимаясь палеонтологическими исследованиями, В.А. Киприянов не оставлял профессиональной деятельности. Он работал редактором Журнала Путей сообщения, преподавал геогнозию в Строительном училище, был директором Санкт-Петербургского водопровода, главным инженером строительства Нижегородской линии Николаевской железной дороги и по устройству Ладожской системы, работал в правительственной инспекции на различных частных линиях железных дорог.
В 1876 г., выйдя в отставку, В.А. Киприянов продолжил заниматься изучением ископаемых. В 1881–1883 гг. увидели свет четыре монографии В.А. Киприянова, посвященные описанию морских рептилий из меловых отложений Курской, Орловской, Саратовской губерний, а также происходящих из юры окрестностей Москвы. Это первые в России капитальные работы, посвященные мезозойским морским рептилиям, созданные по результатам изучения всех групп этих ископаемых, известных в то время из юрских и меловых отложений Европейской России. Им были изучены не только собственные сборы, но и весь доступный костный материал, хранившийся в музеях Москвы и Санкт-Петербурга.
Отметим, что коллекции морских рептилий, описанные и изображенные В.А. Киприяновым, были переданы им в музей Императорской АН в Санкт-Петербурге, большую коллекцию ископаемых из северского остеолита он пожертвовал в музей Горного института, коллекция остатков рыб и некоторых других ископаемых из курского саморода стала собственностью Геологического кабинета Императорского Московского университета (ныне в составе фондов ГГМ РАН).
В 1885 г. В.А. Киприянов подвел итог своим геологическим исследованиям в работе «Геологические исследования в Орловской и Курской губерниях».
Помимо работ геолого-палеонтологического содержания, В.А. Киприяновым опубликованы «Критический обзор проектов для предохранения С.-Петербурга от наводнения» (1858 г.), «Описание открытия и построения канала императора Александра II» (1866 г.), а также статьи в Журнале Главного управления путей сообщения и публичных изданий: «Описание Московской губернии в строительном отношении. Статья первая» и «Описание Московской губернии в строительном отношении. Статья вторая и последняя» (1856 г.), «Заметка о распространении оврагов в Южной России» (1857). Он также является автором очерков «Великая равнина Российской империи (орографический очерк)», «К воспоминаниям о Корпусе Инженеров Путей Сообщения и его институте», о своих родителях А.И. и А.В. Киприяновых, о В.Д. Евреинове, у которого он учился и под руководством которого работал – «К воспоминаниям о В.Д. Евр-ве. (О памятниках)». В.А. Киприянов опубликовал также описание проекта «О памятнике в бозе почившему Государю Императору Александру II в Московском Кремле» (1882).
Валерьян Александрович Киприянов ушел из жизни 21 января (02 февраля) 1889 г. Похоронен в Москве.
В Государственном геологическом музее им. В.И. Вернадского РАН хранятся коллекции В.А. Киприянова, представленные остатками рыб из меловых отложений Курской и Орловской губерний, послужившие оригиналами к его статьям, посвященным хрящевым и костистым рыбам из «северского остеолита» и к третьей части его монографии, в которой им описаны также морские рептилии из юрских отложений Москвы (1883 г.).